1999年菲律宾发生地震，在那里发现了虫形庞大怪物穆托，后来在拉斯维加斯又出现了另一只，经判断，在拉斯维加斯出现的是雌性，而菲律宾那只是雄性。他们在城市中与死敌哥斯拉相遇，哥斯拉寡不敌众，败下阵来。
这时人类烧毁了穆托的卵，雌性穆托脱离战斗，哥斯拉使用原子火焰击昏雌性穆托，随后用尾巴将雄性穆托锤击到大楼上击杀，自己则被倒下的大楼掩埋。最后在雌性穆托即将杀死男主角时再次用原子火焰烧毁雌性穆托的喉管，击杀后因为消耗过大自己也倒了下去。第二天早上本被人们以为死去的哥斯拉却再度醒来，对着天空吼叫后返回到大海深处。
2014年与穆托的大战后五年，因为帝王组织科学家研发的怪兽声纹模拟系统“奥卡”被自然恐怖组织利用而导致处于组织秘密保护的魔斯拉、拉顿、基多拉等17头沉睡中的泰坦怪兽近乎同时复苏，
身为地球外侵略物种的基多拉试图利用泰坦改变整个生态系，而感应到基多拉的哥斯拉与其展开激战。
战斗途中受到人类投放的秘密武器·氧气毁灭者攻击而进入濒死状态，回到其栖息地，后接受了芹泽博士带到其栖息地的核弹爆炸产生的巨量辐射而进化（身体更加高大强壮，背鳍形状变化），与魔斯拉联手和基多拉决战，
最终魔斯拉以牺牲生命为代价（但留下了新的卵）抑制了哥斯拉体内无法控制而即将爆炸的辐射、使其成功进入红莲形态，以两发体内放射压倒性地将基多拉消灭，随后在拉顿等受基多拉感召聚集的泰坦们的朝拜下对着天空吼叫、加冕为王。
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