未来的道教发展大势，已经和政治分不开了，寇谦之在不长的余生中，所能做的也非常有限，表现出来的更多的则是一位老人的无奈。在他人生的最后八年里，在崔浩的极力推动下，太武帝发动了残酷的灭佛行动。虽然寇谦之实际上并不支持太武帝如此做，但由于寇谦之在北魏确立了道教的国教地位，很多佛教徒自然地把罪名也安在他的头上，以为是他的原因才导致了皇室对佛教举起了屠刀。
实际上，在寇谦之北上来平城之前，佛教在北魏经营得还是挺不错的，很多王公贵族也都是佛教的信徒，就连国家的老大太武帝也信奉佛法，礼敬沙门。
随着寇谦之的努力，新天师道得到了皇帝的崇奉，使道教成为了北魏的国教，为了和上级保持一致，一些官员自然也就改弦易辙，抛弃了佛教，改信了道教。
就算如此，太武帝对佛教还没什么意见，更谈不上仇视，当然已经不再信奉佛教了，表面上也不会再做出信奉的样子了。太武帝对佛教的心理变化，实际上是有深层次的原因。
从春秋以来，华夏对蛮夷就有了排斥心理，所谓裔不谋夏，夷不乱华，内诸夏，外夷狄，佛教这个来自印度，带来了一位胡神的宗教，显然是在挑战华夏人民的忍受力了。不过鲜卑人本来就属于夷族，从他们主张汉化，又自诩为黄帝的后代来看，他们对胡、夷这类说法是极其敏感、脆弱的，他们还是很想有华夏民族那样悠久的文明的。包括后来太武帝接受太平真君的年号，进一步说明了鲜卑人实际上天然对佛教就不会亲热，只有利用，这也可以从给高僧封将军之类的细节上表现出来。
佛教自身方面呢，同样存在问题。佛教进入中原以后，不可避免地吸收了谶纬学说，常弄出些神神秘秘的理论出来，这对没有文化的百姓来说很具有蛊惑力，对鲜卑人的统治产生了影响，触及着了统治阶级的底线。佛教发展势头非常强，僧人增加迅速，实际上有大量的假慕沙门，实则为了逃避赋役的人进入了佛门，加上有意收纳农户为他们种田生产，这种和国家抢夺人口的行为，进一步严重影响了正常的社会发展和军事扩张。
不怕没好事，就怕没好人，为了推行儒学治国，急需消灭佛教，在崔浩等有心人的推动下，极力在太武帝面前说佛教的不好，一些不利于佛教的大事小事时不时的传到太武帝的耳中。比如一些和尚、尼姑守不住清规，发生一些在那时属于伤风败俗的事，这就令太武帝渐渐对佛教有了厌恶心理。
公元438年，太武帝就下诏，命令五十岁以下的僧人必须还俗，并且应征入伍，从而解决了第二年西伐北凉的人力不足的问题，这也是皇权第一次对佛教表达出的不满。
在太武帝尊奉道教后，对佛教的容忍力就更低了，而佛教界依然没有意识到危机的到来，反而继续毫无节制地扩张，大搞土建，豪华装修，生活奢靡。僧人的人数也越来越多，人口大量流入寺院，享受着免税政策，很多地方甚至出现了大量的僧兵，整个一个国中之国。
终于在公元444年，太武帝下诏灭佛，理由是“彼沙门者，假西戎虚诞，妄生妖孽，非所以一齐政化，布淳德于天下也”。规定上自王公贵族，下至百姓庶人，有偷偷供养沙门的，限你们二月十五日前把他们遣送官曹。如果藏匿，过期不送，嘿嘿，你明白的，一经查实，“沙门身死，主人门诛”，根本没有免费的盒饭吃，直接就灭你全家了。
所幸这次灭佛行动不是很迅速，所以很多僧人及经籍没有遭难。但是不久，公元445年，就发生了盖吴起义，太武帝在镇压过程中，发现关中地区的佛寺内藏匿了大量武器，就怀疑这些和尚和盖吴有勾结，是一起谋反的，对佛教的厌恶和敌视就更加深了。北魏在打天下，治理国家的过程中，社会一直不太安定，起义并不是新鲜事，所以盖吴起义就不多说了。
还有一点，这些寺庙里藏的金银酒器等数量庞大，以万计，这还不算他拉的人口、土地这些财富，心说你们哪来这么多钱，比我这个皇帝都富有。
公元446年，在崔浩的推动下，太武帝终于下定决心，彻底解决佛教，第三次下诏灭佛，宣布佛教为邪教。《魏书》中甚至称佛教为“鬼道”，说佛教的兴盛，造成了“生民死尽”、“千里萧条，不见足迹”，所以，谁敢再信仰佛教的“门诛”，谁都不能私藏佛图胡经，发现的都要烧毁，至于那些和尚，不管是老是少“悉坑之”，全都挖坑活埋了。这就是历史上着名的太武灭佛，佛教史上的太武法难，这次灭佛运动，佛教几乎彻底从北魏消失。
历史上对太武帝的灭佛的原因研究者众多，有佛门的不知节制，在军事、经济、人口、信仰等诸多方面与统治者发生冲突，也有儒、道方面的压力和引导及鲜卑人对宗教的利用而非信仰等原因，得出的结论也五花八门，诸如宗教说、经济说、民族说、军事说等等，通过上面分析，实际上这些方面的原因都包括，但本质上还是政治行为。除了对外来文化的排斥意识外，佛教在本体论、认识论和法 轮等义理方面与儒、道存在差异，与统治阶级发生直接冲突。经过这次打击，反而刺激着佛教能够更好地融入华夏文化中并传承至今。
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